Annecy es un importante nudo ferroviario en Alta Saboya, situado entre los Alpes franceses, el valle del Ródano y la zona de Ginebra. La ciudad cuenta con una estación principal de tren de pasajeros, la estación de Annecy, además de otras paradas locales en el área urbana más amplia. SNCF Voyageurs ofrece los principales servicios ferroviarios franceses, mientras que Leman Express conecta Annecy con la red ferroviaria transfronteriza en torno a Ginebra.
Los trenes desde Annecy incluyen servicios TGV INOUI en el corredor de París, trenes regionales TER Auvergne-Rhone-Alpes por el este de Francia y servicios Leman Express hacia la frontera suiza. La estación de Annecy es la principal estación de tren para salidas de larga distancia, regionales y transfronterizas, por lo que la mayoría de los billetes de tren para la ciudad utilizan esta estación como origen o destino.
Las rutas ferroviarias desde Annecy se dirigen al noroeste hacia París y la red nacional de alta velocidad, al suroeste hacia Lyon y el valle del Ródano, al sur hacia Chambéry y Grenoble, y al noreste hacia Ginebra, Annemasse y la red Leman Express. Reserva trenes desde y hacia Annecy en línea en Rail Monsters.