Fuji es un centro ferroviario regional en el este de la prefectura de Shizuoka, situado en el corredor Tokaido entre Tokio, Shizuoka, Nagoya y Osaka. La ciudad cuenta con dos estaciones principales de pasajeros para viajes interurbanos: la estación Shin-Fuji en el Tokaido Shinkansen y la estación Fuji en las líneas convencionales de JR Central. Shin-Fuji es una de las pocas estaciones de Shinkansen en Japón que no está conectada directamente por ferrocarril con una estación JR convencional, así que los viajeros deben comprobar qué estación de tren de Fuji utiliza su billete.
JR Central opera los principales trenes desde Fuji. Los servicios Kodama Shinkansen paran en Shin-Fuji para viajes de alta velocidad en el Tokaido Shinkansen, mientras que la estación Fuji gestiona los trenes regionales de la línea principal Tokaido y la línea Minobu hacia el norte, a través del interior de Shizuoka y la prefectura de Yamanashi. El transbordo entre estaciones de Shin-Fuji y Fuji se realiza en autobús local, taxi o traslado por carretera, en lugar de mediante un enlace ferroviario directo.
Las rutas ferroviarias desde Fuji van hacia el este hasta Mishima, Atami, Yokohama y Tokio, hacia el oeste hasta Shizuoka, Hamamatsu, Nagoya y Osaka, y hacia el norte hasta Fujinomiya, Minobu y Kofu en la línea Minobu. Reserva trenes desde y hacia Fuji en línea en Rail Monsters.