Hakodate es el principal nudo ferroviario del sur de Hokkaido, situado en el extremo sur de la isla, cerca del corredor ferroviario de Seikan hacia Honshu. El área de la ciudad cuenta con varias estaciones de pasajeros útiles, encabezadas por Hakodate Station para el ferrocarril convencional y, cerca de allí, Shin-Hakodate-Hokuto Station para los servicios de Hokkaido Shinkansen. JR Hokkaido es el principal operador, con Donan Isaribi Railway prestando servicio en la línea costera hacia Kikonai.
Los trenes desde Hakodate incluyen los servicios Limited Express Hokuto por todo Hokkaido, los trenes locales de JR Hokkaido por la zona de Oshima, la conexión Hakodate Liner con la estación del Shinkansen y los servicios regionales de Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto es el punto de acceso ferroviario de alta velocidad para Hakodate, mientras que Hakodate Station sigue siendo la principal estación de tren del centro de la ciudad.
Las rutas ferroviarias desde Hakodate se dirigen al norte hacia Onuma-Koen, Mori, Oshamambe y Sapporo, al este a través del sur de Hokkaido y al sur, vía Kikonai y el túnel de Seikan, hacia Aomori, Sendai y Tokio. Reserva trenes desde y hacia Hakodate en línea en Rail Monsters.