Kumamoto es un importante centro ferroviario en el centro de Kyushu, situado entre Fukuoka y Kagoshima en el Kyushu Shinkansen. La ciudad cuenta con una estación principal de tren de larga distancia, Kumamoto Station, con paradas regionales de apoyo como Kami-Kumamoto y Shin-Suizenji. JR Kyushu es el operador principal, con servicios de Shinkansen, trenes limited express y trenes locales por la ciudad.
Los trenes desde Kumamoto incluyen servicios del Kyushu Shinkansen en el corredor de alta velocidad norte-sur, servicios limited express de JR Kyushu hacia la zona de Aso y trenes regionales por toda la prefectura de Kumamoto. Kumamoto Station es la principal estación de tren para billetes interurbanos, mientras que Kami-Kumamoto y Shin-Suizenji atienden los desplazamientos locales y regionales dentro de la red ferroviaria urbana.
Las rutas ferroviarias desde Kumamoto van hacia el norte a Hakata, Kurume y Shin-Tosu, hacia el sur a Kagoshima-Chuo, hacia el este a Aso y la prefectura de Oita, y más allá hasta Honshu mediante servicios directos o de conexión del Shinkansen hacia Hiroshima y Shin-Osaka. Reserva trenes desde y hacia Kumamoto online en Rail Monsters.