Maibara es un importante nudo ferroviario en el este de la prefectura de Shiga, situado entre los corredores ferroviarios de Kansai, Chubu y Hokuriku. La ciudad gira en torno a la estación de Maibara, donde los servicios de Shinkansen de JR Central se encuentran con las líneas ferroviarias convencionales de JR West y la línea principal de Ohmi Railway. Esto convierte a Maibara en un importante punto de intercambio más que en una gran ciudad terminal.
Los servicios ferroviarios desde Maibara incluyen trenes Tokaido Shinkansen en el corredor Tokio - Nagoya - Kioto - Osaka, trenes regionales de JR West en la línea Biwako y la línea principal Hokuriku, y servicios exprés limitados que utilizan la red convencional hacia el norte de Shiga y la prefectura de Fukui. La estación de Maibara también es el punto de acceso ferroviario local para los trenes de Ohmi Railway que dan servicio a las comunidades al este del lago Biwa.
Los trenes desde Maibara circulan hacia el oeste en dirección a Kioto, Osaka y Kobe, hacia el este a Nagoya y Tokio, hacia el norte a Nagahama, Tsuruga y la región de Hokuriku, y hacia el sur por la red de Ohmi Railway en dirección a Hikone y las localidades de Shiga. Los viajeros que compren billetes de tren para Maibara deben comprobar la estación con cuidado, ya que aquí son frecuentes los transbordos entre el Shinkansen y los servicios regionales. Reserve trenes desde y hacia Maibara en línea en Rail Monsters.