Yakumo se encuentra en la Línea Principal Hakodate, en el sur de Hokkaido, entre el área de Sapporo y el corredor ferroviario de Hakodate. La localidad cuenta con una estación principal de pasajeros, la estación de Yakumo, atendida por JR Hokkaido. Su papel ferroviario es regional, pero importante para los viajeros que se desplazan entre la costa sur de Hokkaido y el eje ferroviario central de la isla.
Los servicios desde Yakumo incluyen trenes Limited Express Hokuto de JR Hokkaido y servicios locales de la Línea Principal Hakodate. La estación de Yakumo es la principal estación de tren para los trenes desde Yakumo, con servicios exprés de asiento reservado que conectan la ciudad con importantes estaciones interurbanas de Hokkaido y trenes locales que atienden a las comunidades cercanas en la misma línea. Los trenes Shinkansen de alta velocidad no prestan servicio directo a Yakumo; los pasajeros utilizan Shin-Hakodate-Hokuto para las conexiones Shinkansen.
Las rutas ferroviarias desde Yakumo se dirigen al norte hacia Oshamambe, Toya, Noboribetsu y Sapporo, y al sur hacia Mori, Shin-Hakodate-Hokuto, Goryokaku y Hakodate. Los billetes de tren para Yakumo son más relevantes para los viajes interurbanos dentro de Hokkaido y para los transbordos al Hokkaido Shinkansen en Shin-Hakodate-Hokuto. Reserve trenes desde y hacia Yakumo en línea en Rail Monsters.