Faro es el principal nudo ferroviario del Algarve oriental de Portugal y el principal punto de acceso ferroviario de larga distancia para la capital regional. La ciudad cuenta con una estación principal de pasajeros, la estación de Faro, servida por Comboios de Portugal, normalmente conocida como CP. Su función es conectar la Línea del Algarve con rutas interurbanas que se dirigen al norte, a través del Alentejo, hacia Lisboa y más allá por la red nacional.
Los servicios ferroviarios desde Faro incluyen trenes de larga distancia Alfa Pendular e Intercidades, además de servicios Regionales por la Línea del Algarve. La estación de Faro gestiona trenes desde Faro hacia Lisboa, Oporto y el centro de Portugal, mientras que los trenes regionales utilizan la misma estación para desplazamientos de este a oeste por el Algarve. No existe una estación ferroviaria directa en el Aeropuerto de Faro, por lo que los pasajeros se trasladan entre la estación de Faro y el aeropuerto por carretera.
Las rutas desde Faro se dirigen al norte hacia Lisboa, Coimbra, Aveiro y Oporto, al oeste por el Algarve hacia Tunes, Portimão y Lagos, y al este hacia Olhão, Tavira y Vila Real de Santo António, cerca de la frontera española. Los billetes de tren para Faro se emiten principalmente para servicios de larga distancia o regionales de CP. Reserve trenes desde y hacia Faro en línea en Rail Monsters.