Lisboa es el principal nudo ferroviario de Portugal y el eje sur del principal corredor de pasajeros norte-sur del país. La ciudad cuenta con varias estaciones de tren importantes, y Lisboa Oriente y Santa Apolonia concentran la mayoría de los servicios de larga distancia de CP. Fertagus también da servicio al área de Lisboa en rutas suburbanas que cruzan el Tajo hacia la península de Setúbal.
Los trenes desde Lisboa incluyen servicios de estilo alta velocidad Alfa Pendular en la línea principal hacia el norte de Portugal y el Algarve, trenes Intercidades para viajes nacionales de larga distancia, servicios regionales y de cercanías de CP por el área metropolitana de Lisboa, y trenes de Fertagus a través del puente ferroviario 25 de Abril. Lisboa Oriente es el principal intercambiador moderno para los servicios nacionales, mientras que Santa Apolonia sigue siendo una importante terminal central para llegadas y salidas de larga distancia.
Las rutas ferroviarias desde Lisboa van al norte hacia Coimbra, Aveiro, Oporto, Braga y Guimaraes, al sur hacia Faro y el Algarve, al este hacia Évora y al otro lado del Tajo hacia Setúbal. Entre los destinos nacionales más populares están Oporto, Coimbra, Faro, Évora, Braga y Setúbal. Reserva trenes desde y hacia Lisboa online en Rail Monsters.