Hefei è il principale snodo ferroviario della provincia di Anhui e un importante crocevia della rete ferroviaria ad alta velocità della Cina orientale. La città dispone di due stazioni passeggeri principali: Hefei South Railway Station per la maggior parte dei servizi ad alta velocità delle serie G e D, e Hefei Railway Station per i treni convenzionali più alcuni servizi intercity selezionati. China Railway gestisce i servizi passeggeri a Hefei attraverso linee ferroviarie nazionali ad alta velocità e convenzionali.
I treni da Hefei includono servizi ad alta velocità lungo il corridoio Shanghai-Wuhan-Chengdu, treni ad alta velocità verso nord in direzione di Pechino, servizi verso est in direzione di Jiangsu e Shanghai, e treni verso sud in direzione di Zhejiang e Jiangxi. Hefei South Railway Station è la principale stazione per le partenze dei treni ad alta velocità, mentre Hefei Railway Station resta importante per i treni notturni e non ad alta velocità che utilizzano la rete più antica.
Le linee ferroviarie da Hefei si dirigono verso est a Nanchino, Shanghai e Suzhou, verso nord a Pechino e Xuzhou, verso ovest a Wuhan e Zhengzhou, e verso sud a Hangzhou, Huangshan e Nanchang. I viaggiatori utilizzano Hefei anche per collegamenti regionali in tutto l'Anhui, inclusi Bengbu, Wuhu, Anqing e Fuyang. Prenota online i treni da e per Hefei su Rail Monsters.