Huangshan è un importante nodo ferroviario nella parte meridionale della provincia di Anhui, situato dove le linee ad alta velocità collegano il delta del fiume Yangtze con l'interno di Anhui e il Fujian. La città ha due principali stazioni ferroviarie per passeggeri: Huangshan North per i servizi ad alta velocità e Huangshan Railway Station per i treni convenzionali. China Railway opera i servizi passeggeri che servono Huangshan.
I treni ad alta velocità da Huangshan North utilizzano servizi delle serie G e D sulle direttrici verso Hangzhou, Shanghai, Nanjing, Hefei e Fuzhou. I treni convenzionali utilizzano Huangshan Railway Station per servizi regionali e a lunga percorrenza più lenti sulla rete più vecchia. L'aeroporto internazionale Huangshan Tunxi non dispone di una stazione ferroviaria diretta, quindi i passeggeri ferroviari normalmente si collegano tramite Huangshan North o Huangshan Railway Station.
Le tratte ferroviarie da Huangshan si dirigono a nord-est verso Hangzhou e Shanghai, a nord-ovest verso Hefei e Nanjing, a sud verso Wuyishan e Fuzhou, e proseguono attraverso la rete nazionale China Railway. Le principali città di destinazione includono Hangzhou, Shanghai, Nanjing, Hefei, Fuzhou e Beijing. Prenota online i treni da e per Huangshan su Rail Monsters.