Nanjing è uno dei principali snodi ferroviari della Cina orientale, situato sul corridoio ad alta velocità Pechino-Shanghai e sul corridoio passeggeri Shanghai-Wuhan-Chengdu. La città dispone di due principali stazioni passeggeri per i viaggi intercity: Nanjing South Railway Station e Nanjing Railway Station. China Railway gestisce i servizi ferroviari a lunga distanza e regionali della città, rendendo Nanjing una fermata chiave tra il delta del fiume Yangtze e la Cina settentrionale.
I servizi da Nanjing includono treni ad alta velocità di categoria G, servizi di categoria D 动车, treni intercity regionali di categoria C e treni convenzionali Z, T e K su alcune tratte più lunghe selezionate. Nanjing South Railway Station gestisce la maggior parte dei treni ad alta velocità in partenza da Nanjing, mentre Nanjing Railway Station serve un mix di servizi ad alta velocità, intercity e convenzionali sulle tratte che attraversano lo Jiangsu e oltre.
Le tratte ferroviarie da Nanjing si dirigono verso est in direzione di Shanghai e Suzhou, verso nord in direzione di Pechino e Xuzhou, verso sud in direzione di Hangzhou e Ningbo e verso ovest in direzione di Hefei, Wuhan e Chengdu. I viaggiatori usano Nanjing anche per collegamenti ferroviari successivi attraverso Jiangsu, Anhui, Zhejiang, Hubei e la più ampia rete nazionale. Prenota online i treni da e per Nanjing su Rail Monsters.