Annecy è un importante polo ferroviario in Alta Savoia, situato tra le Alpi francesi, la Valle del Rodano e l'area di Ginevra. La città ha una stazione ferroviaria principale per passeggeri, la stazione di Annecy, con ulteriori fermate locali nell'area urbana più ampia. SNCF Voyageurs fornisce i principali servizi ferroviari francesi, mentre Leman Express collega Annecy alla rete ferroviaria transfrontaliera intorno a Ginevra.
I treni da Annecy includono servizi TGV INOUI sul corridoio per Parigi, treni regionali TER Auvergne-Rhone-Alpes in tutta la Francia orientale e servizi Leman Express verso il confine svizzero. La stazione di Annecy è la principale stazione ferroviaria per partenze a lunga distanza, regionali e transfrontaliere, quindi la maggior parte dei biglietti del treno per la città utilizza questa stazione come origine o destinazione.
Le linee ferroviarie da Annecy si dirigono a nord-ovest verso Parigi e la rete nazionale ad alta velocità, a sud-ovest verso Lione e la Valle del Rodano, a sud verso Chambéry e Grenoble, e a nord-est verso Ginevra, Annemasse e la rete Leman Express. Prenota online i treni da e per Annecy su Rail Monsters.