Bayonne è un importante hub ferroviario nel sud-ovest della Francia, situato sul corridoio atlantico tra Bordeaux, la Costa Basca e il confine spagnolo. La città ha una stazione ferroviaria principale per passeggeri, Gare de Bayonne, ed è servita da SNCF Voyageurs tramite i servizi TGV INOUI, TER Nouvelle-Aquitaine e Intercites de nuit.
I treni da Bayonne includono servizi ad alta velocità TGV INOUI verso Parigi, servizi regionali TER lungo le linee dell'Adour e della Costa Basca, e treni notturni su alcune partenze a lunga percorrenza selezionate. Gare de Bayonne è la principale stazione ferroviaria sia per i collegamenti a lunga percorrenza sia per quelli regionali, con connessioni verso le località costiere, le rotte interne dei Pirenei e la linea principale per Bordeaux.
Le tratte ferroviarie da Bayonne si dirigono a nord verso Dax, Bordeaux e Parigi, a sud verso Biarritz, Saint-Jean-de-Luz e Hendaye, e a est verso Pau, Lourdes e Tolosa. I viaggi ferroviari transfrontalieri verso la Spagna utilizzano normalmente Hendaye come punto di cambio. Prenota online i treni da e per Bayonne su Rail Monsters.