Giakarta funge da punto centrale per il trasporto ferroviario in Indonesia, con diverse stazioni chiave che collegano la capitale a varie regioni. La stazione principale di Giakarta è la Stazione Gambir, che è il principale hub per i treni a lunga distanza, offrendo servizi a destinazioni come Bandung, Semarang e Cirebon. Un'altra stazione significativa è Pasar Senen, che si occupa principalmente di servizi di classe economica e collega città come Yogyakarta e Solo. La Linea Pendolare, gestita da KAI Commuter, corre da Giakarta verso le aree circostanti, facilitando i viaggi verso Bekasi, Tangerang e Bogor. L'infrastruttura ferroviaria di Giakarta supporta sia il trasporto interurbano che quello locale, rendendola un crocevia cruciale nella rete ferroviaria indonesiana.