Fuji è un nodo ferroviario regionale nella parte orientale della Prefettura di Shizuoka, situato lungo il corridoio Tokaido tra Tokyo, Shizuoka, Nagoya e Osaka. La città ha due principali stazioni passeggeri per i viaggi intercity: la Stazione Shin-Fuji sulla Tokaido Shinkansen e la Stazione Fuji sulle linee JR Central convenzionali. Shin-Fuji è una delle poche stazioni Shinkansen in Giappone non direttamente collegata a una stazione JR convenzionale per ferrovia, quindi i viaggiatori dovrebbero verificare quale stazione di Fuji usa il proprio biglietto del treno.
JR Central gestisce i principali treni da Fuji. I servizi Kodama Shinkansen fermano a Shin-Fuji per i viaggi ad alta velocità sulla Tokaido Shinkansen, mentre la Stazione Fuji gestisce i treni regionali della Linea Principale Tokaido e la Linea Minobu verso nord attraverso l'entroterra di Shizuoka e la Prefettura di Yamanashi. Il trasferimento tra le stazioni Shin-Fuji e Fuji avviene tramite autobus locale, taxi o trasferimento su strada, anziché con un collegamento ferroviario diretto.
Le tratte ferroviarie da Fuji corrono verso est in direzione di Mishima, Atami, Yokohama e Tokyo, verso ovest in direzione di Shizuoka, Hamamatsu, Nagoya e Osaka, e verso nord in direzione di Fujinomiya, Minobu e Kofu sulla Linea Minobu. Prenota online i treni da e per Fuji su Rail Monsters.