Kumamoto è un importante nodo ferroviario nel Kyushu centrale, situato tra Fukuoka e Kagoshima sulla Kyushu Shinkansen. La città ha una stazione principale per i treni a lunga percorrenza, Kumamoto Station, con fermate regionali di supporto come Kami-Kumamoto e Shin-Suizenji. JR Kyushu è il principale operatore, con servizi Shinkansen, limited express e locali nella città.
I treni da Kumamoto includono servizi Kyushu Shinkansen sul corridoio ad alta velocità nord-sud, servizi limited express JR Kyushu verso l'area di Aso e treni regionali in tutta la Prefettura di Kumamoto. Kumamoto Station è la stazione principale per i biglietti ferroviari intercity, mentre Kami-Kumamoto e Shin-Suizenji gestiscono i collegamenti locali e regionali all'interno della rete ferroviaria urbana.
Le linee ferroviarie da Kumamoto vanno a nord verso Hakata, Kurume e Shin-Tosu, a sud verso Kagoshima-Chuo, a est verso Aso e la Prefettura di Oita, e oltre verso Honshu tramite servizi Shinkansen diretti o in coincidenza per Hiroshima e Shin-Osaka. Prenota online i treni da e per Kumamoto su Rail Monsters.