Minamata è un hub ferroviario nella parte meridionale della Prefettura di Kumamoto, sulla costa occidentale di Kyushu. La città ha due principali stazioni passeggeri: Shin-Minamata Station per lo Shinkansen di Kyushu e Minamata Station per i servizi regionali sulla Hisatsu Orange Railway. JR Kyushu e Hisatsu Orange Railway collegano Minamata alla più ampia rete ferroviaria di Kyushu.
I treni da Minamata includono i servizi JR Kyushu Shinkansen a Shin-Minamata, offrendo alla città accesso diretto al corridoio ad alta velocità tra Fukuoka, Kumamoto e Kagoshima. I treni della Hisatsu Orange Railway utilizzano Minamata Station e fermano anche a Shin-Minamata, collegando le comunità costiere tra Yatsushiro e Satsumasendai. I trasferimenti locali tra Minamata Station e Shin-Minamata sono serviti dalla stessa linea regionale.
Le linee ferroviarie da Minamata si dirigono verso nord in direzione di Yatsushiro, Kumamoto e Hakata, e verso sud in direzione di Izumi, Sendai e Kagoshima-Chuo. I treni regionali seguono la costa attraverso le città delle prefetture di Kumamoto e Kagoshima, mentre i servizi ad alta velocità collegano Minamata con le principali città di Kyushu. Prenota online i treni da e per Minamata su Rail Monsters.