Saitama è uno degli snodi ferroviari più importanti dell'area metropolitana di Tokyo, situato immediatamente a nord di Tokyo sui principali corridoi JR East verso il Giappone settentrionale e centrale. La città dispone di diverse stazioni passeggeri, con la stazione di Omiya che funge da principale stazione ferroviaria a lunga percorrenza e da uno dei punti di interscambio più trafficati della rete JR East.
I treni da Saitama includono servizi Shinkansen sui corridoi Tohoku, Joetsu, Hokuriku, Yamagata e Akita, oltre ai treni locali e rapidi JR East che collegano la città con Tokyo, Ueno, Shinjuku e le prefetture circostanti. Omiya è collegata anche ai servizi Tobu Railway sulla linea Tobu Urban Park, mentre alcuni servizi Narita Express offrono un collegamento ferroviario per l'aeroporto verso l'aeroporto di Narita.
Le linee ferroviarie da Saitama si dirigono a sud verso il centro di Tokyo e Yokohama, a nord verso Utsunomiya, Sendai e Morioka, a nord-ovest verso Takasaki e Niigata, e a ovest verso Nagano, Toyama e Kanazawa. Prenota online i treni da e per Saitama su Rail Monsters.