Yakumo si trova sulla Hakodate Main Line nel sud di Hokkaido, tra l'area di Sapporo e il corridoio ferroviario di Hakodate. La città ha una stazione ferroviaria principale per passeggeri, Yakumo Station, servita da JR Hokkaido. Il suo ruolo ferroviario è regionale ma importante per i viaggiatori che si spostano tra la costa meridionale di Hokkaido e l'asse ferroviario centrale dell'isola.
I servizi da Yakumo includono i treni JR Hokkaido Limited Express Hokuto e i servizi locali della Hakodate Main Line. Yakumo Station è la principale stazione ferroviaria per i treni da Yakumo, con servizi Limited Express con posto riservato che collegano la città alle principali stazioni intercity di Hokkaido e treni locali che servono le comunità vicine sulla stessa linea. I treni ad alta velocità Shinkansen non servono direttamente Yakumo; i passeggeri utilizzano Shin-Hakodate-Hokuto per i collegamenti Shinkansen.
Le tratte ferroviarie da Yakumo si dirigono verso nord in direzione di Oshamambe, Toya, Noboribetsu e Sapporo, e verso sud in direzione di Mori, Shin-Hakodate-Hokuto, Goryokaku e Hakodate. I biglietti del treno per Yakumo sono più rilevanti per i viaggi intercity all'interno di Hokkaido e per i trasferimenti verso l'Hokkaido Shinkansen a Shin-Hakodate-Hokuto. Prenota online i treni da e per Yakumo su Rail Monsters.