Yatsushiro è un nodo ferroviario nel sud della Prefettura di Kumamoto, situato tra il corridoio dello Shinkansen del Kyushu e le linee regionali lungo il Mare di Yatsushiro. La città ha due principali stazioni ferroviarie passeggeri: Shin-Yatsushiro per i servizi dei treni ad alta velocità e Yatsushiro Station per la ferrovia regionale. JR Kyushu e Hisatsu Orange Railway sono i principali operatori che servono la città.
I treni da Yatsushiro includono i servizi dello Shinkansen del Kyushu a Shin-Yatsushiro, i servizi locali e regionali di JR Kyushu a Yatsushiro Station, e i treni della Hisatsu Orange Railway che viaggiano verso sud lungo la costa. Shin-Yatsushiro è la principale stazione ferroviaria per i biglietti dei treni a lunga percorrenza, mentre Yatsushiro Station gestisce i collegamenti ferroviari locali e i trasferimenti verso la linea Orange Railway.
Le linee ferroviarie da Yatsushiro si dirigono a nord verso Kumamoto, Kurume e Fukuoka, a sud verso Sendai e Kagoshima-Chuo, e a sud-ovest lungo il corridoio costiero verso Minamata e Izumi. I treni per Yatsushiro utilizzano Shin-Yatsushiro per lo Shinkansen e Yatsushiro Station per gli arrivi regionali. Prenota online i treni da e per Yatsushiro su Rail Monsters.