Coimbra si trova sul principale asse ferroviario nord-sud del Portogallo tra Lisbona e Porto, il che la rende una tappa importante della rete nazionale CP. La città è servita da due stazioni passeggeri: Coimbra-B sulla Linea del Nord per i treni a lunga percorrenza, e la stazione di Coimbra nel centro città per i collegamenti locali e regionali. Questa coppia di stazioni conferisce a Coimbra un ruolo chiaro di hub ferroviario del Portogallo centrale piuttosto che di città capolinea.
I treni da Coimbra includono servizi Alfa Pendular, treni Intercidades, servizi InterRegional e Regional, e treni CP locali tra Coimbra-B e la stazione di Coimbra. Coimbra-B è la principale stazione ferroviaria per i biglietti dei treni a lunga percorrenza, mentre la stazione di Coimbra è usata per l'accesso al centro città e per spostamenti più brevi all'interno della rete locale. Attualmente il Portogallo non gestisce treni ad alta velocità attraverso Coimbra, ma Alfa Pendular è il servizio convenzionale a lunga percorrenza più veloce sulla tratta.
Le linee ferroviarie da Coimbra si dirigono a sud verso Lisbona, Santarem e il collegamento con l'Algarve, a nord verso Aveiro, Porto, Braga e Guimaraes, e a livello regionale verso Figueira da Foz e le località lungo il corridoio del Mondego. Prenota online i treni da e per Coimbra su Rail Monsters.