Faro è il principale nodo ferroviario del Portogallo nell'Algarve orientale e il principale punto di accesso ferroviario a lunga percorrenza per la capitale regionale. La città ha una sola stazione passeggeri principale, la stazione di Faro, servita da Comboios de Portugal, comunemente nota come CP. Il suo ruolo è collegare la Linea dell'Algarve con i servizi intercity che corrono verso nord attraverso l'Alentejo in direzione di Lisbona e oltre, attraverso la rete nazionale.
I servizi ferroviari da Faro includono i treni a lunga percorrenza Alfa Pendular e Intercidades, oltre ai servizi Regional lungo la Linea dell'Algarve. La stazione di Faro gestisce i treni da Faro verso Lisbona, Porto e il Portogallo centrale, mentre i treni regionali utilizzano la stessa stazione per i viaggi est-ovest attraverso l'Algarve. Non esiste una stazione ferroviaria diretta all'aeroporto di Faro, quindi i passeggeri si spostano tra la stazione di Faro e l'aeroporto con un trasferimento su strada.
Le tratte da Faro si dirigono verso nord in direzione di Lisbona, Coimbra, Aveiro e Porto, verso ovest lungo l'Algarve fino a Tunes, Portimao e Lagos, e verso est fino a Olhao, Tavira e Vila Real de Santo Antonio, vicino al confine spagnolo. I biglietti del treno per Faro sono emessi principalmente per i servizi CP a lunga percorrenza o regionali. Prenota online i treni da e per Faro su Rail Monsters.