Fundao si trova sulla Linha da Beira Baixa del Portogallo, il corridoio ferroviario interno che collega l'area di Lisbona con Castelo Branco, Covilha e Guarda. La città ha una sola stazione ferroviaria principale per passeggeri, Fundao, e i servizi sono operati da Comboios de Portugal, comunemente noto come CP. Fundao funge da punto ferroviario regionale per Cova da Beira e da fermata intermedia sui servizi interni più lunghi.
I treni da Fundao includono i servizi a lunga percorrenza CP Intercidades e i treni CP Regional. I treni Intercidades collegano Fundao alla rete ferroviaria nazionale tramite Lisbon Oriente, Lisbon Santa Apolonia e altri punti di interscambio. I treni Regional supportano viaggi più brevi lungo la Linha da Beira Baixa, utilizzando la stazione di Fundao per gli spostamenti tra le vicine città dell'entroterra e i più grandi hub ferroviari.
Le rotte ferroviarie da Fundao vanno verso sud-ovest in direzione di Castelo Branco, Entroncamento e Lisbona, verso nord in direzione di Covilha e Guarda, e proseguono con una connessione verso Coimbra, Porto e altre città portoghesi. Le destinazioni importanti per i biglietti del treno includono Lisbona, Castelo Branco, Covilha, Guarda, Entroncamento e Coimbra. Prenota online i treni da e per Fundao su Rail Monsters.