Lisbona è il principale snodo ferroviario del Portogallo e il punto di riferimento meridionale del principale corridoio passeggeri nord-sud del Paese. La città ha diverse importanti stazioni ferroviarie, con Lisboa Oriente e Santa Apolonia che gestiscono la maggior parte dei servizi CP a lunga percorrenza. Fertagus serve inoltre l'area di Lisbona con collegamenti suburbani attraverso il Tago verso la penisola di Setubal.
I treni da Lisbona includono i servizi veloci in stile alta velocità Alfa Pendular sulla linea principale verso il nord del Portogallo e l'Algarve, i treni Intercidades per i viaggi nazionali a lunga percorrenza, i servizi CP regionali e suburbani nell'area metropolitana di Lisbona e i treni Fertagus attraverso il ponte ferroviario 25 de Abril. Lisboa Oriente è il principale interscambio moderno per i servizi nazionali, mentre Santa Apolonia rimane un importante terminal centrale per arrivi e partenze a lunga percorrenza.
Le tratte ferroviarie da Lisbona si dirigono a nord verso Coimbra, Aveiro, Porto, Braga e Guimaraes, a sud verso Faro e l'Algarve, a est verso Evora e oltre il Tago verso Setubal. Le destinazioni nazionali più popolari includono Porto, Coimbra, Faro, Evora, Braga e Setubal. Prenota online i treni da e per Lisbona su Rail Monsters.