Chongqing jest jednym z największych węzłów kolejowych południowo-zachodnich Chin, położonym między Kotliną Syczuańską, korytarzem rzeki Jangcy oraz trasami do Guizhou i Shaanxi. Miasto ma kilka głównych stacji pasażerskich, a China Railway obsługuje tu połączenia dużych prędkości, międzyregionalne i konwencjonalne w całej metropolii. Chongqing North i Chongqing West obsługują większość biletów na pociągi dalekobieżne oraz odjazdów międzyregionalnych.
Połączenia z Chongqing obejmują pociągi dużych prędkości serii G, usługi serii D动车, pociągi międzyregionalne serii C oraz konwencjonalne pociągi Z, T i K na dłuższych trasach krajowych. Chongqing North jest ważną stacją dla połączeń na wschód i północny wschód, natomiast Chongqing West to kluczowa stacja dużych prędkości dla korytarzy do Chengdu, Guiyang, Kunming i innych tras południowo-zachodnich. Stacja Shapingba obsługuje także krótkie trasy międzyregionalne w obszarze Chengdu-Chongqing.
Trasy kolejowe z Chongqing prowadzą na zachód do Chengdu i Kotliny Syczuańskiej, na południe do Guiyang i Kunming, na północ do Xi'an i Lanzhou, oraz na wschód do Wuhan, Yichang, Szanghaju i korytarza rzeki Jangcy. Zarezerwuj pociągi z i do Chongqing online w Rail Monsters.