Nankin jest jednym z głównych węzłów kolejowych we wschodnich Chinach, położonym na korytarzu dużych prędkości Pekin–Szanghaj oraz na korytarzu pasażerskim Szanghaj–Wuhan–Chengdu. Miasto ma dwa główne dworce pasażerskie obsługujące podróże między miastami: Nanjing South Railway Station i Nanjing Railway Station. China Railway obsługuje dalekobieżne i regionalne połączenia kolejowe miasta, czyniąc z Nankinu ważny przystanek między deltą Jangcy a północnymi Chinami.
Połączenia z Nankinu obejmują szybkie pociągi kategorii G, usługi kategorii D动车, regionalne pociągi między miastami kategorii C oraz konwencjonalne pociągi Z, T i K na wybranych dłuższych trasach. Nanjing South Railway Station obsługuje większość pociągów dużych prędkości z Nankinu, podczas gdy Nanjing Railway Station obsługuje mieszankę połączeń dużych prędkości, między miastami i konwencjonalnych na trasach przebiegających przez Jiangsu i dalej.
Trasy kolejowe z Nankinu biegną na wschód do Szanghaju i Suzhou, na północ do Pekinu i Xuzhou, na południe do Hangzhou i Ningbo oraz na zachód do Hefei, Wuhanu i Chengdu. Podróżni korzystają też z Nankinu jako punktu przesiadkowego do dalszych połączeń kolejowych w całym Jiangsu, Anhui, Zhejiang, Hubei i w szerszej krajowej sieci. Zarezerwuj pociągi z i do Nankinu online w Rail Monsters.