Berlin dysponuje rozbudowaną siecią kolejową z kilkoma ważnymi dworcami, które umożliwiają regionalne i krajowe połączenia. Berlin Hauptbahnhof, centralny dworzec położony w dzielnicy Mitte, jest jednym z największych i obsługuje pociągi dużych prędkości, usługi regionalne i międzynarodowe. Berlin Südkreuz to kolejny ważny dworzec, zlokalizowany w dzielnicy Tempelhof-Schöneberg, oferujący regionalne i niektóre dalekobieżne usługi. Berlin Ostbahnhof znajduje się w Friedrichshain, oferując połączenia głównie do pociągów regionalnych i intercity. Mniejszy, ale istotny, Berlin Spandau obsługuje głównie regionalne usługi i znajduje się w dzielnicy Spandau. Inne notable dworce to Berlin Zoologischer Garten, który obsługuje zarówno pociągi regionalne, jak i ekspresowe, zlokalizowany w dzielnicy Charlottenburg. Dworzec Berlin Lichtenberg, znajdujący się w dzielnicy Lichtenberg, również koncentruje się na regionalnych i intercity usługach. Odległości między tymi dworcami mogą się różnić, zazwyczaj wynosząc od kilku kilometrów do około dziesięciu kilometrów, co sprawia, że system kolejowy jest wygodną opcją podróżowania w obrębie miasta i poza nim.