Dżakarta jest największym pasażerskim węzłem kolejowym Indonezji i głównym zachodnim punktem dostępu do między-miejskiej sieci kolejowej Jawy. Miasto korzysta z kilku dużych stacji kolejowych zamiast jednego centralnego terminala, a KAI obsługuje konwencjonalne pociągi dalekobieżne, natomiast KCIC prowadzi szybką usługę Whoosh z Halim. To rozróżnienie ma znaczenie przy rezerwacji biletów kolejowych do Dżakarty, ponieważ wybór stacji zależy od rodzaju usługi i trasy.
Dalekobieżne usługi KAI korzystają z Gambir i Pasar Senen dla wielu pociągów kursujących po Jawie, podczas gdy Jatinegara i Jakarta Kota obsługują wybrane połączenia między-miejskie i regionalne. Halim jest terminalem w Dżakarcie dla pociągu dużych prędkości Whoosh w kierunku Zachodniej Jawy. KAI Bandara obsługuje połączenie kolejowe z lotniskiem między centralnymi stacjami Dżakarty a Międzynarodowym Portem Lotniczym Soekarno-Hatta, zapewniając dostęp koleją do obszaru lotniska bez korzystania z torów między-miejskich.
Trasy kolejowe z Dżakarty biegną na wschód przez Jawę w kierunku Cirebon, Semarang, Yogyakarta, Solo, Surabaya i Malang, a szybka usługa prowadzi na południowy wschód do Bandung przez Halim. Pociągi do Dżakarty przyjeżdżają z Jawy Środkowej, Jawy Wschodniej, Jawy Zachodniej oraz korytarza lotniskowego. Zarezerwuj pociągi z i do Dżakarty online w Rail Monsters.