Bari jest głównym węzłem kolejowym Apulii i jednym z najważniejszych nadadriatyckich miast kolejowych południowych Włoch. Bari Centrale to główny dworzec miasta, z wydzielonymi obszarami używanymi przez Trenitalia, Italo, Ferrovie del Sud Est i Ferrotramviaria. Miasto leży na adriatyckim korytarzu kolejowym między Foggia a Lecce, a linie w głąb lądu łączą Bari z centralną Apulią i jońską częścią regionu.
Z Bari kursują pociągi dużych prędkości Frecciarossa, połączenia Intercity, pociągi Regionale w całej Apulii, regionalne pociągi Ferrovie del Sud Est oraz pociągi Ferrotramviaria do lotniska Bari Karol Wojtyła i miejscowości na północ od miasta. Bari Centrale obsługuje większość dalekobieżnych pociągów z Bari, natomiast stacja Bari Aeroporto obsługuje połączenie kolejowe z lotniskiem.
Trasy kolejowe z Bari biegną na północny zachód w kierunku Foggii, Rzymu, Bolonii i Mediolanu, na południowy wschód w kierunku Brindisi i Lecce oraz w głąb lądu w kierunku Tarentu, połączeń z obszaru Matera oraz miejscowości regionalnych w centralnej Apulii. Zarezerwuj pociągi z Bari i do Bari online w Rail Monsters.