Fuji to regionalny węzeł kolejowy we wschodniej części prefektury Shizuoka, położony na korytarzu Tokaido między Tokio, Shizuoką, Nagoyą i Osaką. Miasto ma dwa główne pasażerskie dworce do podróży między miastami: Shin-Fuji Station na Tokaido Shinkansen oraz Fuji Station na tradycyjnych liniach JR Central. Shin-Fuji jest jedną z niewielu stacji Shinkansen w Japonii, która nie jest bezpośrednio połączona koleją z tradycyjną stacją JR, dlatego podróżni powinni sprawdzić, której stacji Fuji dotyczy ich bilet.
JR Central obsługuje główne pociągi z Fuji. Pociągi Kodama Shinkansen zatrzymują się na Shin-Fuji w ramach szybkich przejazdów po Tokaido Shinkansen, natomiast Fuji Station obsługuje regionalne pociągi Tokaido Main Line oraz linię Minobu Line biegnącą na północ przez śródlądowe obszary Shizuoka i prefektury Yamanashi. Przesiadka między Shin-Fuji a Fuji Station odbywa się lokalnym autobusem, taksówką lub transportem drogowym, a nie bezpośrednim połączeniem kolejowym.
Trasy kolejowe z Fuji prowadzą na wschód do Mishimy, Atami, Jokohamy i Tokio, na zachód do Shizuoki, Hamamatsu, Nagoyi i Osaki oraz na północ do Fujinomiya, Minobu i Kofu linią Minobu Line. Zarezerwuj pociągi do i z Fuji online w Rail Monsters.