Hakodate to główny węzeł kolejowy w południowym Hokkaido, położony na południowym krańcu wyspy, niedaleko kolejowego korytarza Seikan do Honsiu. W obszarze miasta znajduje się kilka przydatnych stacji pasażerskich, na czele z Hakodate Station dla zwykłych pociągów oraz pobliską Shin-Hakodate-Hokuto Station dla połączeń Hokkaido Shinkansen. JR Hokkaido jest głównym operatorem, a Donan Isaribi Railway obsługuje linię przybrzeżną w kierunku Kikonai.
Pociągi z Hakodate obejmują połączenia Limited Express Hokuto w całym Hokkaido, lokalne pociągi JR Hokkaido w rejonie Oshima, połączenie Hakodate Liner do stacji Shinkansen oraz regionalne usługi Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto jest punktem dostępu do kolei dużych prędkości dla Hakodate, natomiast Hakodate Station pozostaje główną stacją kolejową w centrum miasta.
Trasy kolejowe z Hakodate biegną na północ w kierunku Onuma-Koen, Mori, Oshamambe i Sapporo, na wschód przez południowe Hokkaido oraz na południe przez Kikonai i Tunel Seikan w kierunku Aomori, Sendai i Tokio. Zarezerwuj pociągi z i do Hakodate online w Rail Monsters.