Kagoshima to południowy terminal kolejowy linii Kyushu Shinkansen i ważny węzeł JR Kyushu dla południowej Japonii. Miasto ma dwie główne stacje pasażerskie: Kagoshima-Chuo, główną stację dalekobieżną, oraz Kagoshima Station, mniejszy przystanek regionalny położony bliżej starszego nadportowego korytarza kolejowego. Dzięki temu Kagoshima stanowi południowy punkt końcowy dla usług pociągów dużych prędkości przez Kyushu.
Z Kagoshimy kursują pociągi Kyushu Shinkansen jadące na północ z Kagoshima-Chuo, połączenia limited express w całym południowym Kyushu oraz lokalne pociągi JR Kyushu na liniach regionalnych. Kagoshima-Chuo obsługuje większość biletów na przejazdy dalekobieżne, natomiast Kagoshima Station wspiera głównie lokalny i regionalny ruch w obrębie miejskiej sieci kolejowej. Nie ma bezpośredniego kolejowego połączenia z lotniskiem Kagoshima Airport, więc pasażerowie zwykle dojeżdżają drogą między lotniskiem a Kagoshima-Chuo.
Pociągi z Kagoshimy jadą na północ do Kumamoto, Hakaty i Shin-Osaka, na wschód do Miyazaki oraz na południe do Ibusuki, linią Ibusuki Makurazaki. Połączenia regionalne łączą też okolice Kirishimy oraz społeczności na Półwyspie Satsuma. Zarezerwuj pociągi do i z Kagoshimy online w Rail Monsters.