Kumamoto to ważny węzeł kolejowy w centralnej części Kiusiu, położony między Fukuoką a Kagoshimą na linii Kyushu Shinkansen. W mieście znajduje się jeden główny dworzec dalekobieżny, Kumamoto Station, a także wspierające stacje regionalne, takie jak Kami-Kumamoto i Shin-Suizenji. Głównym operatorem jest JR Kyushu, uruchamiający pociągi Shinkansen, limited express i lokalne połączenia przez miasto.
Pociągi z Kumamoto obejmują usługi Kyushu Shinkansen na północno-południowym korytarzu dużych prędkości, pociągi JR Kyushu limited express w kierunku obszaru Aso oraz pociągi regionalne w całej prefekturze Kumamoto. Kumamoto Station to główny dworzec dla międzycity biletów kolejowych, natomiast Kami-Kumamoto i Shin-Suizenji obsługują ruch lokalny i regionalny w miejskiej sieci kolejowej.
Trasy kolejowe z Kumamoto biegną na północ do Hakaty, Kurume i Shin-Tosu, na południe do Kagoshima-Chuo, na wschód do Aso i prefektury Oita, a także dalej na Honsiu dzięki bezpośrednim lub przesiadkowym połączeniom Shinkansen do Hiroszimy i Shin-Osaki. Zarezerwuj pociągi z i do Kumamoto online w Rail Monsters.