Minamata to ważny węzeł kolejowy w południowej części prefektury Kumamoto, na zachodnim wybrzeżu Kiusiu. Miasto ma dwa główne dworce pasażerskie: stację Shin-Minamata dla Kyushu Shinkansen oraz stację Minamata dla połączeń regionalnych Hisatsu Orange Railway. JR Kyushu i Hisatsu Orange Railway łączą Minamatę z szerszą siecią kolejową Kiusiu.
Pociągi z Minamaty obejmują połączenia JR Kyushu Shinkansen na stacji Shin-Minamata, zapewniając miastu bezpośredni dostęp do szybkiego korytarza między Fukuoką, Kumamoto i Kagoshimą. Pociągi Hisatsu Orange Railway korzystają ze stacji Minamata i zatrzymują się także na Shin-Minamata, łącząc nadmorskie miejscowości między Yatsushiro a Satsumasendai. Lokalne przejazdy między stacjami Minamata i Shin-Minamata obsługuje ta sama linia regionalna.
Trasy kolejowe z Minamaty biegną na północ w kierunku Yatsushiro, Kumamoto i Hakaty, a na południe w kierunku Izumi, Sendai i Kagoshima-Chuo. Pociągi regionalne jadą wzdłuż wybrzeża przez miejscowości w prefekturach Kumamoto i Kagoshima, natomiast połączenia superszybkie łączą Minamatę z głównymi miastami Kiusiu. Zarezerwuj pociągi do i z Minamaty online w Rail Monsters.