Nagoja jest jednym z głównych węzłów kolejowych Japonii, położonym między Tokio a regionem Kansai na linii Tokaido Shinkansen. W centralnej części miasta znajduje się kilka dużych stacji pasażerskich, a JR Central, Meitetsu, Kintetsu oraz linia Aonami obsługują różne części sieci. Stacja Nagoya jest główną stacją kolejową dla pociągów dużych prędkości i regionalnych usług JR.
Pociągi z Nagoi obejmują połączenia Tokaido Shinkansen, pociągi pospieszne i lokalne JR Central, usługi lotniskowe i regionalne Meitetsu oraz pociągi dalekobieżne Kintetsu w kierunku zachodniej części prefektury Aichi i prefektury Mie. Stacje Meitetsu Nagoya i Kintetsu Nagoya znajdują się obok kompleksu stacji JR, natomiast Kanayama pełni funkcję ważnego punktu przesiadkowego dla połączeń JR Central i Meitetsu.
Trasy kolejowe z Nagoi biegną na wschód w kierunku Tokio i Jokohamy, na zachód w kierunku Kioto, Osaki i Kobe, na północ w kierunku Takayamy i Gifu, na południe w kierunku Chubu Centrair International Airport oraz na południowy zachód w kierunku Ise, Tsu i Matsusaki. Zarezerwuj pociągi do i z Nagoi online w Rail Monsters.