Saitama jest jednym z najważniejszych węzłów kolejowych w obszarze Wielkiego Tokio, położonym bezpośrednio na północ od Tokio przy głównych korytarzach JR East prowadzących do północnej i centralnej Japonii. Miasto ma kilka stacji pasażerskich, a stacja Omiya pełni funkcję głównej stacji dalekobieżnej i jednego z najbardziej ruchliwych punktów przesiadkowych w sieci JR East.
Pociągi z Saitamy obejmują połączenia Shinkansen na korytarzach Tohoku, Joetsu, Hokuriku, Yamagata i Akita, a także lokalne i pospieszne pociągi JR East łączące miasto z Tokio, Ueno, Shinjuku i okolicznymi prefekturami. Omiya łączy się również z usługami Tobu Railway na linii Tobu Urban Park Line, a wybrane połączenia Narita Express zapewniają kolejowy dojazd na lotnisko Narita.
Trasy kolejowe z Saitamy biegną na południe do centralnego Tokio i Jokohamy, na północ do Utsunomiyi, Sendai i Morioki, na północny zachód do Takasaki i Niigaty oraz na zachód do Nagano, Toyamy i Kanazawy. Zarezerwuj pociągi z i do Saitamy online w Rail Monsters.