Shimonoseki obsługuje stacja Shimonoseki, która znajduje się na głównej linii Sanyō, łączącej ją z głównymi miastami, takimi jak Hakata i Hiroshima. Stacja zapewnia dostęp do Shinkansen dzięki linii San'yō Shinkansen, co pozwala podróżnym łatwo dotrzeć do Osaki i Kioto. Dodatkowo, stacja Shimonoseki ułatwia lokalne usługi kolejowe, które łączą z okolicznymi obszarami. Położenie miasta blisko cieśniny łączy je również z usługami promowymi, co czyni je kluczowym punktem zarówno dla podróży kolejowych, jak i morskich.