Yakumo leży na linii głównej Hakodate w południowym Hokkaido, między obszarem Sapporo a korytarzem kolejowym Hakodate. W mieście znajduje się jeden główny pasażerski dworzec kolejowy, stacja Yakumo, obsługiwana przez JR Hokkaido. Jej rola kolejowa ma charakter regionalny, ale jest ważna dla podróżnych przemieszczających się między południowym wybrzeżem Hokkaido a centralną osią kolejową wyspy.
Połączenia z Yakumo obejmują pociągi JR Hokkaido Limited Express Hokuto oraz lokalne usługi linii głównej Hakodate. Stacja Yakumo jest głównym dworcem dla pociągów z Yakumo, a połączenia limited express z rezerwacją miejsc łączą miasto z głównymi międzyregionalnymi stacjami Hokkaido, podczas gdy pociągi lokalne obsługują pobliskie społeczności na tej samej linii. Szybkie pociągi Shinkansen nie obsługują bezpośrednio Yakumo; pasażerowie korzystają ze stacji Shin-Hakodate-Hokuto jako połączenia z Shinkansenem.
Trasy kolejowe z Yakumo prowadzą na północ do Oshamambe, Toya, Noboribetsu i Sapporo, a na południe do Mori, Shin-Hakodate-Hokuto, Goryokaku i Hakodate. Bilety kolejowe do Yakumo są najbardziej przydatne przy podróżach między miastami w obrębie Hokkaido oraz przy przesiadkach do Hokkaido Shinkansen na stacji Shin-Hakodate-Hokuto. Zarezerwuj pociągi z i do Yakumo online w Rail Monsters.