Coimbra leży na głównej północno-południowej osi kolejowej Portugalii między Lizboną a Porto, co czyni ją ważnym przystankiem w krajowej sieci CP. Miasto obsługują dwie stacje pasażerskie: Coimbra-B na Linii Północnej dla pociągów dalekobieżnych oraz stacja Coimbra w centrum miasta dla połączeń lokalnych i regionalnych. Ten układ stacji nadaje Coimbrze wyraźną rolę węzła kolejowego środkowej Portugalii, a nie miasta końcowego.
Pociągi z Coimbry obejmują kursy Alfa Pendular, Intercidades, InterRegional i Regional, a także lokalne pociągi CP między Coimbra-B a stacją Coimbra. Coimbra-B jest główną stacją dla biletów na pociągi dalekobieżne, natomiast stacja Coimbra służy do dojazdu do centrum miasta i krótszych przejazdów w ramach sieci lokalnej. Portugalia nie prowadzi obecnie szybkiej kolei przez Coimbrę, ale Alfa Pendular to najszybsze konwencjonalne połączenie dalekobieżne na tej trasie.
Trasy kolejowe z Coimbry biegną na południe w kierunku Lizbony, Santarem i połączenia z Algarve, na północ w kierunku Aveiro, Porto, Bragi i Guimaraes, a regionalnie w kierunku Figueira da Foz oraz miejscowości wzdłuż korytarza Mondego. Rezerwuj pociągi z i do Coimbry online w Rail Monsters.