Lizbona jest głównym węzłem kolejowym Portugalii i południowym punktem oparcia najważniejszego północno-południowego pasażerskiego korytarza kraju. Miasto ma kilka ważnych stacji kolejowych, a Lisboa Oriente i Santa Apolonia obsługują większość dalekobieżnych połączeń CP. Fertagus obsługuje również obszar Lizbony na podmiejskich trasach przez Tag do Półwyspu Setubal.
Pociągi z Lizbony obejmują szybkie połączenia w stylu ekspresowym Alfa Pendular na głównej linii do północnej Portugalii i Algarve, pociągi Intercidades do dalekich podróży krajowych, połączenia regionalne i podmiejskie CP w obszarze metropolitalnym Lizbony oraz pociągi Fertagus przez kolejowy most 25 de Abril. Lisboa Oriente to główny nowoczesny węzeł przesiadkowy dla połączeń krajowych, natomiast Santa Apolonia pozostaje ważnym centralnym terminalem dla przyjazdów i odjazdów dalekobieżnych.
Trasy kolejowe z Lizbony biegną na północ do Coimbry, Aveiro, Porto, Bragi i Guimaraes, na południe do Faro i Algarve, na wschód do Evory oraz przez Tag do Setubal. Popularne krajowe kierunki to Porto, Coimbra, Faro, Evora, Braga i Setubal. Zarezerwuj pociągi z i do Lizbony online w Rail Monsters.