Zhubei jest głównym miastem kolejowym hrabstwa Hsinchu i zajmuje nietypową pozycję w sieci Tajwanu: miasto ma zarówno stację Taiwan Railways na Western Trunk Line, jak i stację Hsinchu High Speed Rail w swoich granicach. Taiwan Railways obsługuje centralne Zhubei, natomiast Taiwan High Speed Rail korzysta ze stacji Hsinchu Station we wschodnim Zhubei dla międzymiastowych pociągów dużych prędkości.
Pociągi z Zhubei obejmują dwa różne modele połączeń. Lokalne i regionalne pociągi Taiwan Railways zatrzymują się na stacji Zhubei Station podczas podróży wzdłuż tradycyjnego korytarza zachodniego wybrzeża. Pociągi dużych prędkości THSR zatrzymują się na stacji Hsinchu HSR Station w podróżach północ–południe przez zachodni Tajwan. Stacja Liujia Station, na linii Liujia należącej do Taiwan Railways, łączy obszar HSR z miastem Hsinchu koleją.
Trasy kolejowe z Zhubei prowadzą na północ w kierunku Taoyuan, Banqiao, Taipei i Nangang, na południe w kierunku Miaoli, Taichung, Chiayi, Tainan i Zuoying, a na zachód w kierunku miasta Hsinchu w ramach usług Taiwan Railways. W Zhubei nie ma bezpośredniej stacji kolejowej na lotnisko, ale połączenia kolejowe w kierunku Taoyuan łączą się z transportem lotniskowym. Zarezerwuj pociągi z i do Zhubei online w Rail Monsters.