Hefei é o principal polo ferroviário da província de Anhui e um ponto de ligação fundamental na rede ferroviária de alta velocidade do leste da China. A cidade tem duas principais estações de passageiros: a Estação Ferroviária de Hefei Sul, para a maioria dos serviços de alta velocidade das séries G e D, e a Estação Ferroviária de Hefei, para comboios convencionais e alguns serviços interurbanos selecionados. A China Railway opera serviços de passageiros em Hefei através de rotas ferroviárias nacionais de alta velocidade e convencionais.
Os comboios de Hefei incluem serviços de alta velocidade no corredor Xangai-Wuhan-Chengdu, comboios de alta velocidade para norte em direção a Pequim, serviços para leste em direção a Jiangsu e Xangai, e comboios para sul em direção a Zhejiang e Jiangxi. A Estação Ferroviária de Hefei Sul é a principal estação para partidas de alta velocidade, enquanto a Estação Ferroviária de Hefei continua a ser importante para comboios noturnos e comboios não rápidos que utilizam a rede mais antiga.
As rotas ferroviárias a partir de Hefei seguem para leste em direção a Nanjing, Xangai e Suzhou, para norte em direção a Pequim e Xuzhou, para oeste em direção a Wuhan e Zhengzhou, e para sul em direção a Hangzhou, Huangshan e Nanchang. Os viajantes também utilizam Hefei para acesso regional em Anhui, incluindo Bengbu, Wuhu, Anqing e Fuyang. Reserve online comboios de e para Hefei na Rail Monsters.