Huangshan é um importante centro ferroviário no sul da província de Anhui, situado onde as linhas de alta velocidade ligam o Delta do Rio Yangtzé ao interior de Anhui e Fujian. A cidade tem duas principais estações ferroviárias de passageiros: Huangshan Norte para serviços de alta velocidade e Estação Ferroviária de Huangshan para comboios convencionais. A China Railway opera os serviços de passageiros que servem Huangshan.
Os comboios de alta velocidade de Huangshan Norte utilizam serviços das séries G e D nos corredores para Hangzhou, Xangai, Nanjing, Hefei e Fuzhou. Os comboios convencionais utilizam a Estação Ferroviária de Huangshan para serviços regionais e de longa distância mais lentos na rede mais antiga. O Aeroporto Internacional Huangshan Tunxi não tem uma estação ferroviária direta, pelo que os passageiros ferroviários normalmente fazem ligação através de Huangshan Norte ou da Estação Ferroviária de Huangshan.
As rotas ferroviárias a partir de Huangshan seguem para nordeste em direção a Hangzhou e Xangai, para noroeste em direção a Hefei e Nanjing, para sul em direção a Wuyishan e Fuzhou, e continuam pela rede ferroviária nacional da China Railway. As principais cidades de destino incluem Hangzhou, Xangai, Nanjing, Hefei, Fuzhou e Pequim. Reserve online comboios de e para Huangshan na Rail Monsters.