Annecy é um importante centro ferroviário na Alta Saboia, situado entre os Alpes Franceses, o Vale do Ródano e a área de Genebra. A cidade tem uma estação ferroviária principal de passageiros, a estação de Annecy, com paragens locais adicionais na área urbana alargada. A SNCF Voyageurs fornece os principais serviços ferroviários franceses, enquanto o Leman Express liga Annecy à rede ferroviária transfronteiriça em redor de Genebra.
Os comboios de Annecy incluem serviços TGV INOUI no corredor de Paris, comboios regionais TER Auvergne-Rhone-Alpes através do leste de França e serviços Leman Express em direção à fronteira suíça. A estação de Annecy é a principal estação ferroviária para partidas de longa distância, regionais e transfronteiriças, pelo que a maioria dos bilhetes de comboio para a cidade utiliza esta estação como origem ou destino.
As rotas ferroviárias a partir de Annecy seguem para noroeste em direção a Paris e à rede nacional de alta velocidade, para sudoeste em direção a Lyon e ao Vale do Ródano, para sul em direção a Chambéry e Grenoble, e para nordeste em direção a Genebra, Annemasse e à rede Leman Express. Reserve online os comboios de e para Annecy em Rail Monsters.