Bayonne é um importante centro ferroviário no sudoeste de França, situado no corredor atlântico entre Bordeaux, a Costa Basca e a fronteira espanhola. A cidade tem uma estação principal de passageiros, a Gare de Bayonne, e é servida pela SNCF Voyageurs através dos serviços TGV INOUI, TER Nouvelle-Aquitaine e Intercités de nuit.
Os comboios de Bayonne incluem serviços TGV INOUI de alta velocidade em direção a Paris, serviços regionais TER ao longo das linhas do Adour e da Costa Basca, e comboios noturnos em partidas selecionadas de longa distância. A Gare de Bayonne é a principal estação ferroviária tanto para ligações de longa distância como regionais, com ligações para localidades costeiras, percursos interiores pelos Pirenéus e a linha principal para Bordeaux.
As rotas ferroviárias a partir de Bayonne seguem para norte em direção a Dax, Bordeaux e Paris, para sul em direção a Biarritz, Saint-Jean-de-Luz e Hendaye, e para leste em direção a Pau, Lourdes e Toulouse. As viagens ferroviárias transfronteiriças para Espanha normalmente utilizam Hendaye como ponto de ligação. Reserve online os comboios de e para Bayonne com a Rail Monsters.