A Estação de Graffenstaden está organizada em seções distintas, cada uma atendendo a diferentes serviços de comboios, desde comboios locais a conexões regionais. Sinalização clara em várias línguas, incluindo francês e inglês, e painéis de exibição eletrónicos ajudam os passageiros a encontrar os seus plataformas, saídas e instalações necessárias, como balcões de bilhete e casas de banho.