Lyon é um dos principais hubs ferroviários de França, situado onde o eixo norte-sul de alta velocidade se cruza com rotas regionais para os Alpes, a Borgonha e o Vale do Ródano. A cidade tem várias estações de passageiros, com Lyon Part-Dieu a funcionar como a principal estação para comboios de longa distância e Lyon Perrache a servir muitos comboios regionais e interurbanos. A SNCF Voyageurs opera os principais serviços ferroviários em Lyon através de TGV INOUI, OUIGO e TER Auvergne-Rhone-Alpes.
Os comboios de Lyon incluem serviços de alta velocidade em corredores nacionais, comboios regionais TER por todo o leste de França e ligações regionais transfronteiriças selecionadas para a Suíça. Lyon Saint-Exupery TGV serve a zona do aeroporto na linha de alta velocidade a leste da cidade, enquanto Lyon Jean Mace e outras paragens urbanas apoiam os movimentos ferroviários regionais na área metropolitana.
As rotas ferroviárias de Lyon seguem para norte em direção a Paris e Dijon, para sul em direção a Avignon e Marselha, para leste em direção a Grenoble, Annecy, Chambery e Genebra, e para oeste em direção a Saint-Etienne e ao centro de França. Os viajantes que reservem bilhetes de comboio para Lyon devem verificar cuidadosamente a estação de partida, porque os comboios de longa distância e os regionais podem utilizar diferentes estações de Lyon. Reserve online comboios de e para Lyon em Rail Monsters.