Jacarta é o maior centro ferroviário de passageiros da Indonésia e o principal ponto de acesso ocidental à rede ferroviária interurbana de Java. A cidade utiliza várias estações ferroviárias importantes em vez de um terminal central, com a KAI a operar comboios convencionais de longa distância e a KCIC a operar o serviço de alta velocidade Whoosh a partir de Halim. Esta separação é importante ao reservar bilhetes de comboio para Jacarta, porque a escolha da estação depende do tipo de serviço e da rota.
Os serviços KAI de longa distância utilizam Gambir e Pasar Senen para muitos comboios em Java, enquanto Jatinegara e Jakarta Kota обслужvem movimentos interurbanos e regionais selecionados. Halim é o terminal de Jacarta para o comboio de alta velocidade Whoosh em direção a Java Ocidental. A KAI Bandara opera a ligação ferroviária entre as estações centrais de Jacarta e o Aeroporto Internacional de Soekarno-Hatta, oferecendo acesso ferroviário à área do aeroporto sem utilizar linhas interurbanas.
As rotas ferroviárias de Jacarta seguem para leste através de Java em direção a Cirebon, Semarang, Yogyakarta, Solo, Surabaya e Malang, com serviço de alta velocidade para sudeste em direção a Bandung via Halim. Os comboios para Jacarta chegam de Java Central, Java Oriental, Java Ocidental e do corredor do aeroporto. Reserve online comboios de e para Jacarta na Rail Monsters.