Fuji é um centro ferroviário regional no leste da Prefeitura de Shizuoka, situado no corredor Tokaido entre Tóquio, Shizuoka, Nagoya e Osaka. A cidade tem duas principais estações de passageiros para viagens interurbanas: a Estação Shin-Fuji na Tokaido Shinkansen e a Estação Fuji nas linhas convencionais da JR Central. Shin-Fuji é uma das poucas estações Shinkansen no Japão não diretamente ligadas por comboio a uma estação JR convencional, pelo que os viajantes devem verificar que estação de comboio Fuji o seu bilhete utiliza.
A JR Central opera os principais comboios a partir de Fuji. Os serviços Kodama Shinkansen param em Shin-Fuji para viagens de alta velocidade na Tokaido Shinkansen, enquanto a Estação Fuji serve os comboios regionais da Linha Principal Tokaido e a Linha Minobu, que segue para norte através do interior de Shizuoka e da Prefeitura de Yamanashi. A transferência entre estações entre Shin-Fuji e a Estação Fuji faz-se de autocarro local, táxi ou transfer rodoviário, em vez de uma ligação ferroviária direta.
As rotas ferroviárias a partir de Fuji seguem para leste em direção a Mishima, Atami, Yokohama e Tóquio, para oeste em direção a Shizuoka, Hamamatsu, Nagoya e Osaka, e para norte em direção a Fujinomiya, Minobu e Kofu na Linha Minobu. Reserve online comboios de e para Fuji na Rail Monsters.