Hakodate é o principal centro ferroviário do sul de Hokkaido, situado na extremidade sul da ilha, perto do corredor ferroviário Seikan para Honshu. A área da cidade tem várias estações de passageiros úteis, lideradas pela Estação de Hakodate para a ferrovia convencional e pela Estação Shin-Hakodate-Hokuto nas proximidades para os serviços Hokkaido Shinkansen. A JR Hokkaido é a principal operadora, com a Donan Isaribi Railway a servir a linha costeira em direção a Kikonai.
Os comboios de Hakodate incluem serviços Limited Express Hokuto por Hokkaido, comboios locais da JR Hokkaido na área de Oshima, a ligação Hakodate Liner para a estação Shinkansen e os serviços regionais da Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto é o ponto de acesso ferroviário de alta velocidade para Hakodate, enquanto a Estação de Hakodate continua a ser a principal estação de comboios do centro da cidade.
As rotas ferroviárias a partir de Hakodate seguem para norte em direção a Onuma-Koen, Mori, Oshamambe e Sapporo, para leste através do sul de Hokkaido e para sul via Kikonai e o Túnel de Seikan em direção a Aomori, Sendai e Tóquio. Reserve online comboios de e para Hakodate na Rail Monsters.